目前我国绝大部分自然保护区的管理机构属于事业单位性质，但由于经费没有保障，大多数保护区被迫走上自养之路，实际上实行的是差额事业单位或事业单位企业化运行，管理与经营混于一体。这是目前我国自然保护区机构的主要运行模式，它导致了一系列问题的出现：弱化了保护管理职能；失去了监督和执法的合理性；加重了对自然资源的压力；倾向独家经营，排斥合作伙伴；加剧了与社区之间的矛盾。这种运行模式虽然在一定程度上分担了政府的财政困难，然而却导致了保护区机构主要职能的偏离。在促进经济发展的过程中，保护区机构首先应该扮演的重要角色是“裁判”，其责任是确保区内一切经营活动所产生的影响被控制在环境可承受的和国家政策所允许的范围内。因而保护区机构的行政性质应当被强调，尤其是在向市场经济转型时期，需要加强对非法利用保护区资源牟利行为的打击力度，而保护区机构作为事业单位或企业单位是难以胜任的。