1、自然资源保护与资源利用的矛盾
    自然资源不仅仅是当地生物多样性保护的重要组成部分,是自然保护区的保护对象,而且还是当地居民祖祖辈辈赖以生存和发展的基础,是当地社会经济发展最基本的物质源泉,这种状况不可避免使自然资源的保护与资源利用产生了一定的冲突。一方面,由于我国的自然保护区大多位于偏远贫困地区,落后的文化、经济、习俗和生产生活条件等原因,使得当地居民多以传统农业、种植业、养殖业甚至采伐林木、挖掘药材和猎捕野生动物为生,对自然资源的依赖性很大。如此强烈的依赖性,给保护区的保护形成了巨大的压力。另一方面, 随着社会经济的发展和居民生活水平的提高,保护区及其周边人口的压力越来越大,对自然资源的需求也越来越多,加剧了保护区保护的难度。所以当自然保护区成立以后,加强自然资源的保护就与当地居民对于资源的利用产生了严重的矛盾性。
    2、自然资源保护与社区经济发展之间的矛盾
    由于自然保护区内蕴含着丰富的矿物资源、水资源、旅游资源等,合理的开发利用这些资源,不但可以解决当地居民的生活生产困难,而且可以为当地居民带来一定的经济收入,促进当地的经济社会发展。但是《自然保护区条例》中规定:严格禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等活动。这些规定意味着,保护区的建立切断了当地居民的经济来源,同时又没有替代性措施,对当地经济发展构成了严重制约,因此,传统的自然保护模式严格限制了对矿物资源、水资源、旅游资源的开发,从而导致了资源保护与社区经济发展的矛盾。
    3、社区居民与自然保护区野生动物的矛盾与冲突
    自从自然保护区建立以后,自上而下的管理限制了当地居民的生产生活,但是为了生存农民只有向自然保护区索取,因而砍伐、狩猎等行为经常发生,反过来社区的这种不得已的非理性的行为又进一步加大了对生物多样性的破坏。同时,随着自然
保护区成立,大大的改善了野生动物的生存环境,某些野生动物种群繁殖恢复了其演替常态,在保护区内频频发生野生动物损害庄稼及伤人事件。野生动物对居民庄稼的损害进一步加剧了社区居民的生活困难,而且由于地方政府财力有限,农民的这部分损失没有得到应有的补偿,这就进一步加剧了自然保护区与社区的矛盾与冲突。