海水淡化成本是进入市场的关键因素。杭州市海水淡化综合成本较15年前下降了60%，今后海水淡化成本还会下降但速度不像以前那么快。杭州水处理技术研究开发中心副主任王寿根如是说。

河北曹妃甸海水淡化运行情况是1吨水能耗3.2度电，加上设备折旧和材料损耗，成本约为每吨5元，远高于南方2元多的水价。若曹妃甸的淡化海水送到北京，需修建270公里输水管道，造价100亿元，核算每吨水的成本为8元。

水资源专家吴季松认为，天津用海水淡化解决缺水问题，经济和技术上将更加合理，且淡化海水水质好于到津南水。这一方案需要中央和地方协调，以补偿天津的建设成本。

海水淡化有热法、膜法两种方法，无论哪种方法，淡化水的PH值6.3-6.8为弱酸性水，这种水能喝，但不能大规模进入城市自来水管网。因为市政管网大多是以钢管、镀锌管等金属管为主，承受不了大量酸性水，必须把淡化水的酸性改成碱性，这就增加了出水成本。因此目前国内淡化海水70%是解决工业园区的供水。而国际上61％的淡化海水主要用于市政供水，海水淡化已成为一些缺水国家、地区的基本水源。

目前国际上海水淡化成本大多在0.67-2.5美元/立方米，最低0.5美元/立方米；我国海水淡化的成本5-8元/立方米。业内专家建议，国家应该像支持新能源产业发展一样，出台适用于淡化海水的补贴体制和完整政策体系，将海水淡化项目纳入公益性工程项目，给予基础设施建设资金补助和配套政策优惠。