敞开式水生物养殖法对分解水中污染物有一定作用。有不少湖泊和河流的管理或治理机构都大量向水体投放有效分解污染物的鱼苗和水生植物。如滇池管理局从2004年开始，每年向滇池投放70万尾鱼苗。太湖管理局2008年初向太湖投放1亿尾白鱼苗等。由于其方法是敞开式的，存在的问题是：

    首先是其生态修复的实际效果究竟有多大很难估计。例如，投放的鱼苗有多少被大鱼吃掉（等同于向富营养水体投放鱼食料），多少鱼苗被食鱼鸟类吃掉,多少鱼苗被人直接捞起而成为席上珍等无法知道。

    其次是容易失去控制。例如不少水域放养的最有效治理蓝藻的水葫芦由于失去控制而成为破坏生态的新的污染源。

    第三是外来物种入侵造成新的生态失衡和严重的经济损失。问题的另一方面是，在许多严重污染的水域，特别是“三河三湖”水域，在政府大量投放鱼苗的同时，却坚决取缔民众网箱养殖；若不论投食养殖的危害性，这也许可以称为“只许州官放火，不许百姓点灯”的现代版，导致政府与老百姓之间的矛盾。这种方法产生效果的程度和方向显然不易控制。